雖然頭皮跟身體其他部位皮膚也有微生菌叢，不過不同部位的菌叢種類的組合也有不同。頭皮菌叢組合傾向以酵母菌及真菌為主要種類，而身體其他皮膚位置的菌叢組合則會以高量細菌為主，而酵母菌為較少比例。

毛囊自身也會營造屬於它的菌叢生態，毛囊會產生油脂分泌（當因為幾天沒有洗頭，頭皮會自然產生油脂，令頭髮出現油光感），而頭皮上的細菌及真菌正以這些油脂作為存活的食物，當愈來愈多壞菌存活頭皮上，就會出現深根頭皮問題。